着力构建风险防控预警机制，是东南大学出版社在规范出版流程中加强廉政建设的重要抓手。近几年，东大出版社以规范出版合同为重点，以岗位风险防控为基础，构建了流程规范、权责明晰、风险明确、措施有力、预警及时的廉政风险防控预警机制，为出版工作提供了坚强的政治保证。
出版工作的各个环节都需要以规范的合同加以约束，从策划组稿开始与作者需要签订出版合同，设计排版需要签订合同，下厂印刷需要签订印刷合同，营销发行需要签订购销合同，储运需要与物流公司签订运输合同，等等。出版社将每个环节的动态信息都纳入信息管理系统，建立了比较完善的“工作环节运行内部流程图”，无论哪个环节出现问题都能一目了然，可防可控，进而大大增强了廉政建设的威慑力。
此外，出版社对一些合同条款的拟定，也体现了廉政建设的缜密性。如在《图书出版合同》中涉及到作者稿酬时规定：“甲方（作者）有权核查乙方（出版社）应向甲方支付报酬的账目”。在《出版物代销、购销合同》以及《物流运输合同》中也对发行折扣、结账时间、货运要求、合作期限等做了严格的规定。各种合同责、权、利都十分明确，把可能出现的“漏洞”均通过合同条款设计进行了弥补，较好地体现了出版社廉政建设的自控力和制约力。